Le climat est tropical à l'est, désertique et sec à l'ouest. Ces déserts côtiers sont provoqués par la présence d'un courant océanique sud-nord, donc froid, qui remonte la côte Pacifique en bloquant l'évaporation et la formation de perturbations pluvieuses.
Dans les Andes (chaîne de montagnes), le climat est tempéré à froid en fonction de l'altitude.
Parmi les volcans importants, on trouve El Misti et Ubinas. Le Huascarán, qui s'élève à 6 768 mètres, est le point culminant du pays dans la Cordillère occidentale.
Parmi les ressources naturelles, on trouve le cuivre, l'argent, l'or, le pétrole, le minerai de fer, le charbon et les phosphates. La pêche constitue aussi une importante ressource naturelle ainsi que les fruits des arbres.
Le pays est sujet aux tremblements de terre. Les inondations et glissements de terrain sont dus au phénomène El Niño. Il existe une activité volcanique dans la zone volcanique centrale des Andes, située au sud du pays.
On peut distinguer trois grandes zones naturelles :
• la « costa » (côte) bordée par l'Océan Pacifique, 60 % de population, 10 % de superficie ;
• la « sierra » (montagne) 30 % de population, 30 % de superficie ;
• la « selva » (forêt d'Amazonie péruvienne) 10 % de population, 60 % de superficie.
Le nom Pérou dérive de Birú, dénomination d'un cacique (chef de tribu) qui vivait près de la baie de San Miguel (Panama), au début du XVIe siècle. Les territoires du chef local étaient la partie la plus méridionale du Nouveau Monde lorsque des aventuriers espagnols les ont parcourus en 1522. Les Indiens de la zone rapporteront quelques vagues informations sur l'existence d'un riche et lointain royaume. Le nom est rapidement passé dans le langage courant de l'époque pour désigner un territoire légendaire situé tout au sud de l'isthme de Panama. Par la suite, Francisco Pizarro et ses hommes, lors de l'occupation de l'Empire Inca en 1532, emploieront le nom Pérou pour désigner les nouvelles terres conquises.
Le Pérou dispose d'un vaste réseau de parcs nationaux, de réserves naturelles et de lieux historiques nationaux. L'ensemble de ces sites couvre une superficie de 18 283 508 ha, soit 14 % du territoire péruvien. L'INRENA (Institut National de Ressources Naturelles) gère la plupart des aires protégées. Cependant, un nombre croissant d'entre elles sont administrées par les communautés autochtones et par des associations de protection de la nature.
Parc National du Huascaran : classée en 1985 Patrimoine Naturel de l'Humanité par l'UNESCO, la Cordillère Blanche est la chaîne montagneuse tropicale la plus élevée au monde. Une trentaine de sommets enneigés s'élevant au-delà de 6 000 m, parmi eux l'Huascaran, la plus haute montagne du Pérou (6 768 m), domine un paysage marqué par la présence d'espèces botaniques ou animales rares tels que la Puya raimondii ou l'ours à lunettes.
Réserve Pampa Galeras-Barbara d'Acchille : bande de terre couvrant plus de 6500 ha, la réserve abrite la plus grande concentration de vigognes au monde. Parc national de Manu : composé de plusieurs zones naturelles qui s'étagent de 150 m à 4 200 m, le parc abrite environ 52 % de toutes les espèces d'oiseaux du Pérou et 15 % de celles du monde entier. En accordant le statut de Patrimoine Mondial au Parc National du Manu en 1985, le Comité du Patrimoine Mondial a souligné : « La région protégée du Manu n'a probablement pas son pareil au monde par sa diversité des écosystèmes et des espèces ».